Научный центр евразийской интеграции был создан в 2013 году для проведения междисциплинарных исследований, разработки предложений и организации мероприятий, направленных на развитие евразийской интеграции.
На сегодня деятельность Центра ориентирована на продвижение различных общественных и отраслевых инициатив для достижения национальных целей развития Российской Федерации, целей Евразийского экономического союза (ЕАЭС) и целей ООН в области устойчивого развития. Продолжается работа в гуманитарной сфере, направленная на формирование единого образовательного пространства ЕАЭС, привлечение молодежи из зарубежных стран на обучение в Россию, развитие взаимодействия между научными и экспертными сообществами стран ЕАЭС в сфере истории и геральдики. Ведется мониторинг текущего состояния интеграционных процессов в ЕАЭС и Союзном государстве России и Белоруссии.
Одним из основных направлений деятельности Центра является программа «Зеленая Евразия». Целью программы является содействие формированию единой экологической и климатической политики ЕАЭС, разработка мер направленных на ликвидацию накопленного экологического вреда, экологизацию экономики, учёт интересов России и ЕАЭС в международном углеродном регулировании. Центр организует проведение соответствующих экспертиз. Работа ведется под научно-методологическим руководством Научного совета РАН по глобальным экологическим проблемам.
В 2017 году по инициативе Центра 5 национальных флагов государств — членов ЕАЭС были направлены на Международную космическую станцию на грузовом корабле «Прогресс», а в 2018 году возвращены на Землю.
Президент России Владимир Путин на заседании Высшего евразийского экономического совета в Санкт-Петербурге 6 декабря 2018 г. подарил лидерам ЕАЭС панно с побывавшими на МКС флагами государств — членов Евразийского экономического союза и фотографией грузового корабля «Прогресс», который доставил их в космос.
«Впервые в истории сразу пять национальных флагов вместе совершили уникальное, длившееся почти год путешествие на околоземной орбите. Это памятный подарок российского председательства», — сказал глава российского государства.
