Научный центр евразийской интеграции был создан в 2013 году для проведения междисциплинарных научных исследований, направленных на развитие евразийской интеграции в экономической и гуманитарной сфере, включая формирование общего образовательного пространства, развитие взаимодействия между научными и экспертными сообществами стран ЕАЭС.
На сегодня деятельность Центра также направлена на выработку самостоятельных евразийских подходов к достижению целей ООН в сфере устойчивого развития, формирование зеленой экономики, защите общего экологического пространства Евразии, формированию общей экологической и климатической политики ЕАЭС, разработку мер направленных на экологизацию экономики.
В 2017 году по инициативе Центра 5 национальных флагов государств — членов ЕАЭС были направлены на Международную космическую станцию на грузовом корабле «Прогресс», а в 2018 году возвращены на Землю, что имело символическое значение в год председательства России в ЕАЭС.
Президент России Владимир Владимирович Путин на заседании Высшего евразийского экономического совета в Санкт-Петербурге 6 декабря 2018 г. подарил лидерам государств — членов ЕАЭС панно с побывавшими на МКС флагами государств — членов Евразийского экономического союза и фотографией грузового корабля «Прогресс», который доставил их в космос.
«Впервые в истории сразу пять национальных флагов вместе совершили уникальное, длившееся почти год путешествие на околоземной орбите. Это памятный подарок российского председательства», — сказал глава российского государства.
С 2023 г. Центр выполняет функции секретариата Научного совета РАН по комплексным проблемам евразийской экономической интеграции, модернизации, конкурентоспособности и устойчивому развитию и работает под методологическим руководством Международного научно-исследовательского института проблем управления (МНИИПУ) http://mniipu.org/